Η Φιλοδασική Ένωση Αθηνών ιδρύθηκε το 1899 στην Αθήνα με σκοπό την αναδάσωση χέρσων εκτάσεων, την ανάπτυξη της φιλοδασικής συνείδησης και την προστασία του φυσικού περιβάλλοντος.
Ιδρύθηκε από τον τότε Υπουργό Οικονομικών Φωκίωνα Νέγρη, τον μηχανικό Ανδρέα Κορδέλλα και τον δασολόγο Κωνσταντίνο Σάμιο.
Τα πρώτα χρόνια της ίδρυσης της, η Φιλοδασική ανέλαβε την πρωτοβουλία της αναδάσωσης των λόφων που βρίσκονταν γύρω και μέσα στην πόλη της Αθήνας. Για το σκοπό αυτό δημιούργησε στο Παγκράτι, ένα φυτώριο με πηγάδια, δεξαμενές και ατμοκίνητη αντλία, σε οικόπεδο που της παραχώρησε η Μονή Πετράκη.
Η έκταση του φυτωρίου, ακολουθώντας την πρόοδο του έργου της Φιλοδασικής, σταδιακά αυξήθηκε φτάνοντας στο μέγεθος του σημερινού Άλσους Παγκρατίου (30 στρέμματα), το οποίο παραχωρήθηκε το 1936 στον Δήμο Αθηναίων. Από τα φυτά αυτού του φυτωρίου, αναδασώθηκαν οι λόφοι του Λυκαβηττού, του Φιλοπάππου, του Αρδηττού, των Νυμφών και της Πνύκας καθώς και οι κλιτύες της Ακρόπολης.
Με το τέλος του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου, το 1945, η τ. πρόεδρος της Φ.Ε.Α. Καίτη Αργυροπούλου γυρνώντας από τη Μέση Ανατολή, αντίκρισε το θέαμα ενός αποψιλωμένου Υμηττού, θύμα της υλοτόμησης κατά τη διάρκεια της κατοχής. Αντιλαμβανόμενη τον κίνδυνο μιας οριστικής παραμόρφωσης του βουνού, ανέλαβε δράση σε συνεργασία με τις δασικές υπηρεσίες του Υπ. Γεωργίας για να το διασώσει όσο είναι καιρός. Η δράση της έδωσε νέα πνοή στη Φιλοδασική και ξεκίνησε την αναδάσωση της περιοχής με επίκεντρο την τότε ερειπωμένη βυζαντινή Μονή Καισαριανής. Στην περιοχή φυτεύτηκαν πάνω από τρία εκατομμύρια φυτά σε μια έκταση περίπου 6.000 στρεμμάτων. Λατομεία καλύφθηκαν και δενδροφυτεύθηκαν, διανοίχτηκαν δασικοί δρόμοι, διαμορφώθηκαν πλατείες, χώροι ανάπαυσης και αναψυχής, και απομακρύνθηκαν τα κοπάδια αιγοπροβάτων. Παράλληλα ξαναφυτεύτηκε ο Ιστορικός Ελαιώνας που άλλοτε περίβαλε το βυζαντινό μοναστήρι, έτσι όπως είχε αποτυπωθεί σε χαλκογραφίες περιηγητών και δημιουργήθηκε ένας μικρός Βοτανικός Κήπος με μια πλούσια συλλογή από αγριοβότανα, αρωματικά και φαρμακευτικά φυτά, θάμνους και δένδρα της Ελληνικής γης. Με αυτές τις ενέργειες, η έκταση γύρω από τη Μονή σταδιακά αναπλάσθηκε ώστε να αποτελεί σήμερα τον πνεύμονα και το καταφύγιο φυσικού κάλλους και γαλήνης για τους κατοίκους της πρωτεύουσας.
Ως επιβράβευση όλων των παραπάνω προσπαθειών, το Ελληνικό Κράτος παραχώρησε τις αναδασωμένες περιοχές στη Φιλοδασική. Επιστέγασμα της νομικής θωράκισης του δάσους υπήρξε το Προεδρικό Διάταγμα 91/1974, με το οποίο έκταση 6.400 στρεμμάτων κηρύχθηκε «Αισθητικό Δάσος» λόγω της ιδιαίτερης αισθητικής και οικολογικής του σημασίας.
Κατά τη δημιουργία του Αισθητικού Δάσους του Υμηττού, η Φιλοδασική εμπράκτως προστάτεψε και σημαντικά αρχαιολογικά μνημεία της ευρύτερης περιοχής του Υμηττού. Πιο συγκεκριμένα, την περίοδο 1952-55 με επιμέλεια και χρηματοδότηση της Φιλοδασικής αναστηλώθηκε το μοναστηριακό συγκρότημα της Μονής Καισαριανής (11ος αιώνας), σε συνεργασία με την Αρχαιολογική Εταιρεία, υπό την εποπτεία των καθηγητών Αναστάσιου Ορλάνδου και Ιωάννη Τραυλού, την αποκατάσταση των μεταβυζαντινών τοιχογραφιών ανέλαβε ο συντηρητής Τάσος Μαργαριτώφ. Στη συνέχεια αναστήλωσε και τη Μονή του Αγίου Ιωάννη του Κυνηγού.
Το 1956 ξεκίνησε, και πάλι σε συνεργασία με τη Αρχαιολογική Εταιρεία και τον αρχαιολόγο Ιωάννη Τραυλό, το έργο της ανασκαφής και μερικής αποκατάστασης του Ολυμπιείου, που τότε παρουσίαζε εικόνα εγκατάλειψης. Μετά το πέρας της ανασκαφής, ο περιβάλλων χώρος αναμορφώθηκε από τη Φιλοδασική, με φυτεύσεις δένδρων, θάμνων κλπ.
Το 1984, η Φιλοδασική υπό προεδρίας Μιχαήλ Γ. Μελά ξεκίνησε μία αποφασιστική και τολμηρή εκστρατεία για την σωτηρία του μοναδικού Απολιθωμένου Δάσους της Λέσβου. Αυτό το μοναδικό μνημείο φυσικής κληρονομιάς είχε αφεθεί ως το 1980 καταφρονημένο και ανεξερεύνητο από τους αρμόδιους κρατικούς φορείς. Η Φ.Ε.Α. προώθησε, συντόνισε και χρηματοδότησε επί σειρά ετών ένα πρόγραμμα για την προστασία και ανάδειξη - σε εθνική και διεθνή κλίμακα - του μοναδικού αυτού Μνημείου της Φύσης, ηλικίας περίπου 20 εκατομμυρίων ετών. Με τον τρόπο αυτό, η Φιλοδασική κατάφερε δραστηριοποιώντας το ΕΚΠΑ, να ευαισθητοποιηθούν οι αρμόδιοι φορείς του Υπουργείου Γεωργίας και της Νομαρχίας. Επίσης, με πρωτοβουλία της Φιλοδασικής τέθηκαν οι βάσεις για τη δημιουργία του σημερινού Μουσείου Παλαιοντολογίας στο Σιγρί που επέλεξε η Ένωση (το Μουσείο οικοδομήθηκε αρκετά χρόνια αργότερα από το Υπουργείο Αιγαίου).
Την περίοδο 1997-2002 η Φιλοδασική Ένωση Αθηνών, σε συνεργασία με την Ιερά Μητρόπολη Χίου, ανέλαβε την αναδάσωση 700 στρεμμάτων καμένης γης που περιβάλλει την ιστορική Νέα Μονή της Χίου (10ος αιώνας).
Το 2003 η Φιλοδασική αποφάσισε να ερευνήσει το προβληματικό φαινόμενο της «βαμβακάδας» στα ελληνικά πευκοδάση και του εντόμου Marchalina hellenica που την προκαλεί. Διοργάνωσε επιστημονικό συνέδριο με τη συμμετοχή διακεκριμένων επιστημόνων, όπου και αποκαλύφθηκε ο καταστροφικός ρόλος του M. hellenica στο φαινόμενο όπως και η συμβολή που είχαν ορισμένοι μελισσοκομικοί συνεταιρισμοί στην τεχνητή διάδοσή του εντόμου, με ιδιοτελή και οικονομικά κίνητρα. Στη συνέχεια, αφού η Φιλοδασική διαπίστωσε την πείσμονα άρνηση για συνεργασία του τότε Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης, ανέλαβε μόνη της νομικές πρωτοβουλίες και ενέργειες για την απαγόρευση της διάδοσης του M. Hellenica, αποκαλύπτοντας ταυτόχρονα στην Ευρωπαϊκή Ένωση την ανυπαρξία προστασίας των περιοχών Natura 2000 από την ανεξέλεγκτη τεχνητή διάδοση του εντόμου με «εμβολιασμούς» που οδήγησαν στην μόλυνση των πεύκων. Αυτή η εκστρατεία της Φιλοδασικής είχε ως αποτέλεσμα ο «Ευρωπαϊκός και Μεσογειακός Οργανισμός Φυτοπροστασίας» να θέσει το έντομο στον Κατάλογο Συναγερμού, δημιουργώντας έτσι τις προϋποθέσεις για τη γενική του απαγόρευση στο Ευρωπαϊκό έδαφος.
Στη διάρκεια της μακρόχρονης πορείας της, η Φιλοδασική έχει τιμηθεί επανειλημμένα για το έργο της, από την Ακαδημία Αθηνών (1947, 1976), την Ευρωπαϊκή Επιτροπή (1994), το ίδρυμα Henry Ford (1996/97) και την Ελληνική Εταιρία Προστασίας της Φύσης (2007).
Σήμερα, η Φιλοδασική συνεχίζει με συνέπεια και αφοσίωση το σημαντικό της έργο, με στόχο την προστασία των δασών και του περιβάλλοντος από κάθε είδους καταστροφή και καταπάτηση. Παράλληλα προωθεί τη φιλοδασική συνείδηση μέσα από ερευνητικά προγράμματα και εκπαιδευτικές δράσεις, αποσκοπώντας στην ενημέρωση και ευαισθητοποίηση ατόμων όλων των ηλικιών. Επιπλέον, συμβάλλει στην ανάδειξη μνημείων και χώρων με ιστορική, θρησκευτική και αρχιτεκτονική αξία. Ως υπεύθυνος φορέας διαχείρισης του Αισθητικού Δάσους του Υμηττού, η Φιλοδασική το φροντίζει αδιάλειπτα, αναδεικνύοντας τη σημασία του για την πολιτιστική και περιβαλλοντική μας κληρονομιά.